土地增值稅清算，是指納稅人在符合土地增值稅清算條件后，依照稅收法律、法規及土地增值稅有關政策規定，計算房地產開發項目應繳納的土地增值稅稅額，結清該房地產項目應繳納土地增值稅稅款的行為。
土地增值稅清算需要填寫《土地增值稅清算申報表》，向主管稅務機關提供有關資料，辦理土地增值稅清算手續。
清算條件
納稅人符合下列條件之一的，應進行土地增值稅的清算。
（一）房地產開發項目全部竣工、完成銷售的；
（二）整體轉讓未竣工決算房地產開發項目的；
（三）直接轉讓土地使用權的。
對符合以下條件之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算。
（一）已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的；
（二）取得銷售（預售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；
（三）納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續的；
（四）?。ㄗ灾螀^、直轄市、計劃單列市）稅務機關規定的其他情況。
對前款所列第（三）項情形，應在辦理注銷登記前進行土地增值稅清算。
清算期限
對于符合清算條件，應進行土地增值稅清算的項目，納稅人應當在滿足條件之日起90日內到主管稅務機關辦理清算手續。對于符合第二種清算條件，稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算的項目，由主管稅務機關確定是否進行清算；對于確定需要進行清算的項目，由主管稅務機關下達清算通知，納稅人應當在收到清算通知之日起90日內辦理清算手續。
應進行土地增值稅清算的納稅人或經主管稅務機關確定需要進行清算的納稅人，在上述規定的期限內拒不清算或不提供清算資料的，主管稅務機關可依據《中華人民共和國稅收征收管理法》有關規定處理。
清算單位
土地增值稅清算應該以國家有關部門審批的房地產開發項目為單位進行清算。對于分期開發的項目，以分期項目為清算單位。如果開發項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。
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